Depuis 2002, une nouvelle gestion des déchets a été mise en place dans les bases des terres australes et antarctiques françaises. A Port-aux-Français dans les îles Kerguelen un tri très strict des déchets a été imposé aux hivernants pour un objectif zéro déchet.
Lorsque les îles subantarctiques ont été classées réserve naturelle en 2006, un objectif zéro déchet a été établi à Port-aux-Français dans les îles Kerguelen. Les hivernants sont soumis à un tri très strict des déchets qui fait même l’objet d’une formation pour les nouveaux venus. Les déchets sont triés dans 12 bacs et 6 points de collecte correspondant à 6 familles de déchets ont été mis en place. Chaque base a ainsi édité son guide pour les futurs hivernants. Les déchets sont ensuite chargés par hélitreuillage de caisses ou de gros sacs pour être valorisés à la Réunion ou en Afrique du Sud. En revanche les déchets spéciaux sont conditionnés puis envoyés en métropole. Cette politique de tri permet de davantage se préoccuper des anciens déchets stockés ou enfouis depuis des années sur les lieux.